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Identification de QTL associés à de la mortalité embryonnaire chez les bovins laitiers

FRITZ S. (1), CAPITAN A. (1), DJARI A. (2, 4), GROHS C. (3), BOUSSAHA M. (3), BAUR A. (1), BARBAT A. (3), LEFEBVRE R. (3), ESQUERRE D. (4), KLOPP C. (2), ROCHA D. (3), BOICHARD D. (3)

(1) Union Nationale des Coopératives agricoles d’Elevage et d’Insémination Animale, Service Génétique, 149 rue de Bercy, 75595 Paris Cedex 12, France

(2) INRA, SIGENAE, UR875 Biométrie et Intelligence Artificielle, 31326 Castanet, France

(3) INRA, UMR 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative, 78352 Jouy-en-Josas, France

(4) INRA, UMR 444 Laboratoire de Génétique Cellulaire, 31326 Castanet, France

RESUME

Des régions du génome portant des mutations récessives délétères ont été détectées dans les trois principales races laitières françaises en recherchant des haplotypes relativement fréquents (>1%) dans la population mais présentant un fort déficit en homozygotes. La détection repose sur l’utilisation des données de typages de la puce BovineSNP50® d’Illumina utilisées en sélection génomique (47 878 animaux Holstein, 16 833 Montbéliards, et 11 466 Normands). Trente trois régions incluant les régions déjà décrites associées à Brachyspina, CVM, HH1 et HH3 en race Holstein ont été identifiées. La longueur de ces régions varie de 1 à 4,8 Mb et les fréquences des haplotypes de 1,8 à 9%. Un effet significatif négatif sur la fertilité a été observé pour 10 de ces régions dans les accouplements à risque entre taureaux porteurs et filles de taureaux porteurs, confortant leur association avec des mutations létales à l’état embryonnaire. Des effets significatifs ont également été observés sur la mortinatalité pour 7 haplotypes. Ces régions ont été ensuite analysées avec des données de séquence complète du génome de taureaux porteurs et contrôle (45 animaux au total). Des mutations candidates très fortes ont été mises en évidence, dont trois déjà connues dans les gènes FANCI (Brachyspina), SLC35A3 (CVM), et APAF1 (HH1) et quatre nouvelles mutations avec des effets prédits très délétères sur la structure protéique dans les gènes GART, SMC2, SLC37A2, et NOA1. En conclusion, cette étude montre un aspect jusqu’à présent inconnu de la consanguinité dans les races bovines sélectionnées. Alors qu’une éradication systématique serait extrêmement coûteuse financièrement pour les programmes de sélection, une contre-sélection doit être entreprise pour diminuer progressivement la fréquence de ces mutations. Les plans d’accouplement doivent dès à présent éviter les accouplements à risque.

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