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Sélection génomique en ovins laitiers en France : principaux résultats et conséquences pour la mise en place de schémas de sélection génomique

BARILLET F. (1), BALOCHE G. (1), BUISSON D. (1, 3, 5), LAGRIFFOUL G. (2), AGUERRE X. (3), BOULENC P. (4), FIDELE F. (3), FREGEAT G. (5), GIRAL-VIALA B. (4), GUIBERT P. (6), PANIS P. (6), SOULAS C. (3), ROBERT-GRANIE C. (1), LARROQUE H. (1), LEGARRA A. (1), ASTRUC J.M. (2)

(1) INRA-UMR1388, F-31326 Castanet-Tolosan, France
(2) Institut de l’Elevage, F-31326 Castanet-Tolosan, France
(3) CDEO, F-64130 Ordiarp, France
(4) Ovitest, F-12850 Onet-le-Château, France
(5) OS Upra Lacaune, F-12026 Rodez, France
(6) Service Elevage de la Confédération Générale de Roquefort, F-12103 Millau, France

RESUME

La sélection des brebis laitières en France est fondée actuellement sur le testage sur descendance de 440, 50, 30, 30 et 150 béliers d’IA par an, respectivement en races Lacaune lait (LL), Basco-Béarnaise (BB), Corse, Manech tête noire (MTN) et Manech tête rousse (MTR). Depuis 2010 nous avons conduit des programmes de recherche-développement sur la faisabilité de la sélection génomique (SG) en ovins laitiers en France. Les principaux résultats sont les suivants : (1) les populations de référence atteignent en 2013 un nombre de béliers d’IA de 4841 LL, 509 BB, 361 MTN, et 1425 MTR ; (2) étant donné que la précision des index génomiques varie peu avec les méthodes testées, la méthode GBLUP en une seule étape (ssGBLUP) a été retenue ; (3) le gain de précision des prédictions génomiques par rapport au choix sur ascendance est compris entre 0.10 et 0.20 point, selon le caractère et la race considérés ; (4) le gain de précision génomique est plus limité que celui constaté pour les grandes races bovines laitières, en accord avec des effectifs génétiques plus importants en ovins laitiers.
Les schémas de sélection génomique conçus en ovins laitiers sont comparables aux schémas hybrides des petites races bovines scandinaves, qui combinent sélection génomique précoce et sélection phénotypique modérée à l’arrivée des index sur descendance. Avec une pression de sélection génomique comprise entre 1/3 et ¼ pour les jeunes béliers, le gain génétique annuel est accru de 10 % à 15 %, avec une réduction du cheptel de béliers d’IA de 20 à 40 % permettant de compenser les coûts de génotypage. Une expérimentation de sélection génomique en race LL a permis de valider les pressions de sélection minimales à réaliser pour de tels schémas hybrides. Les organisations de sélection ont décidé de basculer en sélection génomique en 2015 en race LL et dans un futur proche en races ovines laitières des Pyrénées (ROLP), misant sur une meilleure flexibilité des schémas de sélection génomique. La SG débouche donc sur des modifications majeures des modalités de sélection des ovins laitiers en France, dont nous évoquons les évolutions techniques, économiques et organisationnelles.

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