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Signatures génomiques de l’histoire évolutive des races caprines françaises

OGET C. (1), MARTIN P. (2), SERVIN B. (1), PALHIERE I. (1)

(1) GenPhySE, Université de Toulouse, INRA, ENVT, Castanet Tolosan, France

(2) Capgènes, Mignaloux-Beauvoir, France

RESUME

L’espèce caprine, domestiquée il y a 11 000 ans en Asie Mineure, a suivi la migration de l’Homme en Europe et en Asie au cours du Néolithique, puis a été introduite dans toute l’Afrique, et se retrouve aujourd’hui dans le monde entier. En France, 14 races caprines sont officiellement reconnues par le Ministère de l’Agriculture. Grâce à un jeu de données génomiques composé de 54 000 SNP (puce ADN caprine Illumina), nous avons étudié la diversité génétique de 223 individus appartenant à 8 races françaises (Alpine, Angora, Corse, des Fossés, Poitevine, Provençale, des Pyrénées, Saanen). Plusieurs approches ont été utilisées : deux approches intra-populationnelles (estimateurs de la consanguinité, structure des populations) et deux approches inter-populationnelles de construction d’arbres phylogénétiques. Nous avons également cherché à détecter des signatures de sélection à partir d’une approche de différenciation entre les races. Les résultats de l’analyse de diversité génétique obtenus à partir des différentes approches révèlent des races françaises bien distinctes mais très proches génétiquement, à l’exception de la race Angora qui possède des origines turques. La race Provençale possède un background génétique original, témoin de l’existence probable de deux vagues de migration. Le niveau de consanguinité génomique moyen est très différent selon la race : il varie de 3% à 14%. La détection de signatures de sélection a révélé 5 régions du génome (chromosomes 5, 6, 11, 13 et 20), mettant en lumière trois gènes candidats sélectionnés au cours de l’histoire évolutive de ces races.

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