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Prise en compte des gènes d’intérêt dans les objectifs de sélection en bovins laitiers

HOZE C. (1,2), FRITZ S. (1,2), BAUR A. (1,2), GROHS C. (2), DANCHIN-BURGE C. (3), BOICHARD D. (2)

(1) Allice, 149 rue de Bercy, 75595 Paris, France

(2) GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France

(3) Idele, 149 rue de Bercy, 75595 Paris, France

RESUME

Le développement des techniques de séquençage et de génotypage haut débit ont facilité la découverte de gènes d’intérêt et d’anomalies génétiques. Aujourd’hui ces informations sont gérées de façon indépendante des objectifs de sélection, ce qui n’est pas optimal. Nous proposons ici une stratégie pour intégrer directement les gènes d’intérêts dans ces objectifs. Cette méthode suppose de calculer les valeurs génétiques aux gènes d’intérêt en se basant sur trois informations : le poids économique du gène d’intérêt, sa fréquence dans la population et le génotype des individus. Le poids économique reflète le coût induit par le gène. Dans le cas des anomalies létales, il dépend essentiellement de l’âge de la mort de l’animal. La fréquence et le statut des animaux sont disponibles en routine grâce aux données de génotypages de la sélection génomique. Les valeurs génétiques obtenues pour chacun des gènes d’intérêts sont ensuite additionnées entre elles et aux autres composantes de l’ISU (Index Synthèse Unique) dans une nouvelle synthèse appelée ISUg. La pression de sélection sur les gènes d’intérêt est d’autant plus forte que leur poids économique et leur fréquence dans la population sont élevés. Cette approche a été simulée en races Montbéliarde et Holstein. En race Montbéliarde, on prend en compte deux anomalies génétiques létales à l’état embryonnaire (MH1, MH2) ainsi que la mitochondronpathie (MTCP) entrainant la mort de l’animal entre 3 et 6 mois. Les fréquences dans la population sont respectivement de 6,6%, 5,1% et 8.2%. Le poids économique associé à la perte d’un embryon a été supposé de -70€ et celui de la perte d’un veau de -400€. Ces valeurs induisent une pénalisation de -0.8 points d’ISU pour les porteurs MH1, -0.64 pour MH2 et -5.48 pour MTCP. Les animaux non porteurs reçoivent quant à eux un léger avantage. En race Holstein, l’étude intègre 11 gènes d’intérêt : 8 anomalies induisant de la mortalité embryonnaire, 1 anomalie entrainant la mortalité à la naissance, 1 anomalie liée à la mortalité tardive (CDH) ainsi que le gène sans cornes. Le poids économique du gène sans corne a été supposé de +40€. Les fréquences dans la population sont toutes inférieures à 3%. Hormis pour CDH (-2,2 points d’ISU pour les animaux porteurs), la pénalisation des animaux porteurs d’une anomalie est comprise entre -0.47 à -0.11 point d’ISU), un avantage de +7.7 points pour les hétérozygotes au gène sans corne. En race Montbéliarde, la corrélation entre ISUg et ISU est de 0.983 pour les mâles nés en 2016 et de 0,989 en race Holstein. Dans les deux races, on observe un niveau génétique équivalent entre taureaux du top ISUg et du top ISU. Par ailleurs, les fréquences des anomalies génétiques sont plus faibles dans le top ISUg. Cet index permet donc à progrès génétique équivalent, une meilleure gestion des fréquences des gènes d’intérêt dans la population. Son utilisation pour le choix des reproducteurs est donc possible tout en étant complémentaire d’une gestion des gènes d’intérêts au niveau des accouplements, afin d’éviter la procréation d’atteints.

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