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Le Microbiome

Microbiome | Performance | Ruminants (général) | Santé animale

Les microbiotes des ruminants : état des lieux de la recherche et impacts des microbiotes sur les performances et la santé des animaux

ZENED A. (1), FORANO E. (2), DELBES C. (3), VERDIER-METZ I. (3), MORGAVI D. (4), POPOVA M. (4), RAMAYO-CALDAS Y. (5), BERGONIER D. (6), MEYNADIER A. (1), MARIE-ETANCELIN C. (1)

(1) Université de Toulouse, ENVT, INP-PURPAN, INRAE, UMR GenPhySE, Castanet-Tolosan
(2) Université Clermont Auvergne, INRAE, UMR MEDIS, Saint-Genès-Champanelle
(3) Université Clermont Auvergne, INRAE, VetAgro Sup, UMR Fromage, Aurillac
(4) Université Clermont Auvergne, INRAE, VetAgro Sup, UMR Herbivores, Saint-Genès-Champanelle
(5) Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, UMR GABI, Jouy-en-Josas
(6) Université de Toulouse, ENVT, INRAE, UMR IHAP, UMT Pilotage de la santé des ruminants.

RESUME
Les ruminants, tout comme l’Homme et les autres mammifères, hébergent des billions de microbes symbiotiques, constituant les « microbiotes » de la peau, des voies digestives, respiratoires et génitales. La composition et les fonctions de ces microbiotes dépendent de leur emplacement. Une particularité des ruminants est la présence d’un microbiote spécialisé dans le rumen, composé principalement de bactéries (50 % de la biomasse), de protozoaires, d’archées et de champignons. L’application des approches omiques, en particulier le séquençage de nouvelle génération a permis de caractériser les membres du microbiote, leurs gènes et leurs activités. Le microbiote ruminal, situé en amont des sites d’absorption, joue un rôle central dans la nutrition des ruminants. La production des ruminants est aussi particulièrement influencée par le microbiote intestinal et le microbiote associé à la peau de la mamelle. Les populations microbiennes intestinales sont diversifiées et leur composition est spécifique des segments considérés. Enfin, le microbiote cutané de la mamelle est un réservoir important de la diversité microbienne du lait cru. Ces différents microbes interagissent entre eux et avec leur hôte sous l’influence de divers facteurs de variation. Le régime alimentaire est le principal facteur de modulation des microbiotes digestifs, tandis que les pratiques d’alimentation au début de la vie influencent également la cinétique d’implantation et la structure de ces microbiotes. Le milieu de vie de l’animal, en relation avec l’alimentation, a un impact particulier sur le microbiote cutané mammaire. Des études récentes montrent un contrôle génétique potentiel par l’hôte de ses communautés microbiennes. En outre, il existe une accumulation de preuves des liens entre le microbiote et la santé animale, l’efficacité de l’alimentation, les performances, la qualité des produits et la production de gaz à effet de serre. Ces constatations justifient l’intérêt croissant des éleveurs pour les microbiotes des animaux et leur modulation.

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