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Bovins laitiers | Génétique | Génomique
Du nouveau dans les évaluations génétiques bovines : mise en place du Single-Step, une évaluation génétique et génomique en une seule étape.
BARBAT M. (1), CROUE I. (1), FRITZ S. (2), TRIBOUT T. (3), BOICHARD D. (3), MINERY S. (4), LAUNAY A. (4), BOULESTEIX P. (4), PROMP J. (4)
(1) GenEval, 3 rue du Petit Robinson, 78350 Jouy-en-Josas
(2) ELIANCE, Maison Nationale des Eleveurs, 149 rue de Bercy, 75595 Paris Cedex 12
(3) INRAe, UMR GABI, Domaine de Vilvert, 78350 Jouy-en-Josas
(4) Institut de l’Elevage, Maison Nationale des Eleveurs, 149 rue de Bercy, 75595 Paris Cedex 12
RESUME
Depuis 2009, l’évaluation génomique s’est développée en races bovines, en France comme à l’étranger. Malgré ses nombreux avantages, depuis quelques années, la sélection génomique se révèle causer un biais dans les évaluations génétiques. Pour s’affranchir de ce biais, une nouvelle méthode d’évaluation génétique est implémentée chez les bovins : le « Single-Step », ou évaluation en une étape.
Les analyses réalisées au sein des projets ASAP et UNIGENO montrent l’efficacité de cette nouvelle approche. L’étude de validation de la méthode Single-Step repose sur l’estimation des index d’un groupe de jeunes taureaux ayant des filles avec performances en 2021 mais pas en 2017, sur la base de l’ensemble des informations disponibles en 2021 ou en 2017. Une simulation des index de 2017 a donc été réalisée pour ces jeunes taureaux sans connaissance des performances de leurs filles. Cette étude, menée pour un très large panel de races et de caractères, a permis de montrer la très bonne cohérence entre les index estimés avant et après arrivée des filles : la pente de la régression des index 2021 sur les index 2017 est comprise entre 0.97 et 1.03 pour tous les caractères et races considérés. Ces très bons résultats sont notamment permis par la mise en place dans l’évaluation du facteur d’érosion, permettant de prendre en compte le nombre de générations séparant un jeune animal de la population de référence lors du calcul de son index.
Les validations ont été poussées en confrontant les index « Single-Step » des femelles (prédits avant qu’elles aient leurs performances) avec leurs performances (étude Génoperf, Idele). Là aussi, les résultats confirment l’intérêt de la méthodologie « Single-Step ». En race Normande, il est prédit un écart de 1600 kg d’index lait entre les moins bonnes et les meilleures génisses. Lorsque les femelles sont en production quelques années plus tard, il est observé un écart de performances de 1590 kg de lait. Pour l’intervalle vêlage – première IA, celles avec un index prédit à +1 sont en moyenne, sur le terrain, remises à la reproduction 7 jours plus tôt que les femelles avec un index prédit à -1.
Avec cette nouvelle méthode, l’évaluation génomique devient accessible à l’ensemble des races bovines dans lesquels des génotypages réguliers sont effectués et cela sur l’ensemble des caractères. Les efforts de typages permettront un gain progressif de précision pour les races dans lesquelles la proportion d’animaux génotypés est encore faible.
Fruit de collaborations entre l’UMT e-BIS, GenEval, les organismes et les entreprises de sélection des deux filières bovines, l’évaluation « Single-Step » a été mise en place dès mars 2022 pour certaines races laitières et sera étendue à l’ensemble des races disposant actuellement d’une évaluation génétique dans le courant des années 2022 et 2023.
