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Utilisation de données de séquence en caprins laitiers français : exploration de régions d’intérêt et amélioration de la précision des évaluations génomiques

TALOUARN E (1), BARDOU P (2), TEISSIER M (1), CLEMENT V (3), PALHIERE I (1), LARROQUE H (1), TOSSER-KLOPP G (1), RUPP R (1), ROBERT-GRANIE C (1)

(1) INRAE, UMR1388 Génétique, Physiologie et Système d’Elevage, F-31326 Castanet-Tolosan Cedex

(2) INRAE, Sigenae, F-31326 Castanet-Tolosan Cedex

(3) Institut de l’Elevage, F-31326 Castanet-Tolosan Cedex

INTRODUCTION
Le projet VarGoats a pour but de fournir un jeu de données de plus de 1000 séquences pour l’espèce Capra hircus, dont 44 individus de race Alpine et 37 de race Saanen. Ce nombre limité permet néanmoins de constituer une population de référence pour envisager une imputation depuis des informations de typage partiel (typages 50k) vers la séquence. Cette étape permet d’intégrer de l’information fine provenant de la séquence complète des animaux dans des analyses d’association ou dans les évaluations génomiques, pour l’ensemble des individus génotypés en puce 50K. Notre objectif dans cette étude appliquée aux chèvres françaises a été de détecter de nouvelles régions d’intérêt et d’affiner les régions QTL déjà connues. Les informations ainsi acquises ont ensuite été utilisées dans les évaluations génomiques. Nous ne présenterons les résultats qu’en race Saanen, par souci de concision et car ils ont fait l’objet d’une étude approfondie

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