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Le Microbiome

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Évaluation des transferts microbiens du sol au lait en filière AOP Comté

CHEMIDLIN PREVOST-BOURE N. (1), SADET-BOURGETEAU S. (1), BRIE M. (2), DUMONT J. (2), CAMPEDELLI M. (2), KARIMI B. (1), NOWAK V. (1), GUYOT P. (3), LETOURNEUR C. (3), MANNEVILLE V. (4), GILLET F. (5), BOUTON Y. (3)

(1) UMR 1347 Agroécologie - AgroSup Dijon – INRAE - Université Bourgogne – Université Bourgogne Franche-Comté, 21000 Dijon

(2) AgroSup Dijon, 21000 Dijon

(3) Comité Interprofessionnel de Gestion du Comté – Unité R&D, Bâtiment INRAE URTAL, 39800 Poligny

(4) Institut de l’Elevage, 63170 Aubière

(5) UMR 6249 Chrono-Environnement, Université Bourgogne Franche-Comté, 25030 Besançon

RESUME
Comprendre le lien d’un produit à son terroir est un véritable enjeu pour des productions laitières et fromagères performantes et durables préservant les équilibres agro-écologiques des prairies. En filière AOP Comté, les bactéries
indigènes du lait cru ont été identifiées comme déterminantes dans la typicité du fromage affiné mais leur origine reste à identifier. Ici, l’hypothèse est que les communautés microbiennes indigènes du lait cru seraient issues des
prairies permanentes suivant un continuum sol–phyllosphère–trayon–lait. Pour la tester, les communautés microbiennes des 4 compartiments ont été caractérisées par séquençage haut débit dans 45 fermes en AOP Comté. Une analyse de réseau a permis de mettre en évidence des liens forts et très significatifs entre compartiments (0,26 < r < 0,49). Ces liens se sont révélés sensibles aux pratiques agricoles (niveau de fertilisation organique, pression au pâturage, traitement des trayons post-traite) et aux conditions de milieu (pH du sol, diversité végétale, altitude). Cette chaine de causalité suggère que le lien d’un produit à son terroir est dépendant de la diversité microbiologique des agroécosystèmes et des pratiques agricoles mises en oeuvre. Renforçant le caractère local du terroir, elle constitue un élément à prendre en compte pour la durabilité environnementale et économique des filières.

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