Importance de la méthode d’analyse statistique des données du transcriptome.

J.F. HOCQUETTE, I. BARNOLA, C. BERNARD, B. MEUNIER, K. SUDRE, A. LISTRAT, I. CASSAR-MALEK

INRA, Unité de Recherches sur les Herbivores, Equipe Croissance et Métabolisme du Muscle, Theix, 63122 Saint-Genès Champanelle, France

INTRODUCTION

L’analyse du transcriptome est basée sur l’hybridation moléculaire des ARN d’un tissu cible (après rétrotranscription en ADNc et marquage) avec des ADNc déposés sur un support (membranes de nylon, lames de verre). De plus, le même échantillon biologique peut être analysé avec plusieurs membranes ou lames différentes pour estimer la variabilité technique de la mesure. Ce travail, réalisé dans le cadre du programme AGENAE (Analyse du GENome des Animaux d’Elevage), a pour objectif de comparer différentes méthodes de dépouillement ou d’analyse statistique des données du transcriptome.

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Génétique | Génomique | Ruminants (général)

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Importance de la méthode d’analyse statistique des données du transcriptome.

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Les approches génomiques pour l’identification de gènes d’intérêt économique : outils, applications et perspectives.

Ce que la génomique fonctionnelle peut apporter à la filière viande bovine.

Exploitation des gènes de la coloration de la robe pour une traçabilité raciale des produits d’origine bovine.

Etude du gène de la calpastatine chez les bovins.

Cartographie fine d’un QTL intervenant sur la fertilité femelle chez les bovins laitiers.

Utilisation de la Génomique pour l’étude de la phase d’élongation de l’embryon bovin.

Analyse de l’expression de gènes indicateurs de la mort cellulaire dans la glande mammaire, un indice du potentiel de production de la glande mammaire.

Mise en place d’une sélection assitée par marqueurs dans les trois principales races bovines laitières françaises.

Détection de QTL influençant des caractères d’importance économique présente ou à venir en ovins laitiers en France et en Italie.

Une expérimentation en croisement pour détecter des QTL chez les bovins laitiers.

ROGER : Un Répertoire Ordonné de Gènes pour l’analyse de l’Expression génique chez les Ruminants. Application à l’identification de marqueurs de la différenciation dans le muscle, le tissu adipeux, l’embryon et la glande mammaire.

Analyse d’image de filtres à haute densité : méthodes d’acquisition et de traitement.

L’importance de la variabilité biologique et de la précision des mesures en biologie intégrative.

Mesure du taux d’incompatibilité des génisses issues de taureaux de testage et incidence sur le protocole de testage.

La syndactylie en race Holstein : identification de marqueurs génétiques et caractérisation de gènes candidats. Vers une éradication de l’anomalie dans nos cheptels.

Premiers résultats du programme français d’amélioration génétique des ovins pour la résistance à la tremblante.

Cartographie des protéines du muscle Semitendinosus de bovins par électrophorèse bidimensionnelle et spectrométrie de masse.

Validation d’un répertoire d’ADNc de muscles de bovins : application à la recherche de gènes marqueurs de la croissance musculaire.