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2409. Génétique

Bovins laitiers | Génétique | Génomique | microbiome

Des analyses GWAS réalisées à l’échelle de la séquence révèlent des régions du génome associées au microbiote fécal en race Holstein.

« BRULIN L. (1,2), SANCHEZ M.P. (2), CAI Z. (3), DUCROCQ S. (1,4), EVEN G. (1,4), MARTEL S. (1,4), MERLIN S. (1,4), AUDEBERT C. (1,4), ESTELLE J. (2), SAHANA G. (3), CROISEAU P. (2) (1) GD Biotech – Gènes Diffusion, Lille, 59000 France (2) Université Paris-Saclay, AgroParisTech, INRAE, GABI, Jouy-en-Josas 78350, France (3) Center for Quantitative Genetics and Genomics, Université d’Aarhus, Denmark (4) PEGASE-Biosciences, Institut Pasteur de Lille, 1 Rue du Professeur Calmette, 59019, Lille, France

RESUME
Le microbiote gastro-intestinal des animaux d’élevage, notamment des ruminants, a suscité un intérêt croissant au cours de la dernière décennie, donnant lieu à diverses études. Une partie d’entre elles ont révélé une composante génétique influençant la composition de certaines communautés bactériennes. L’objectif de cette étude est d’approfondir les connaissances sur l’influence de la génétique de l’hôte sur la composition du microbiote fécal de la vache laitière. Pour cela, des échantillons fécaux de 1 875 vaches Holstein issues de 144 fermes commerciales françaises ont été collectés et un séquençage ciblant le gène ARNr 16S a été réalisé. Les abondances de genres précédemment identifiés comme héritables ont été analysées dans des études d’association génomique (GWAS) en utilisant les génotypes des vaches, imputés au niveau de la séquence (13 millions de variants). Ces analyses ont permis d’identifier cinq QTL (quantitative trait loci) associés respectivement à l’abondance de Paeniclostridium, Akkermansia, Sutterella, Turicibacter et d’un genre inconnu de la famille des Paludibacteraceae. Les régions génomiques correspondantes contiennent des gènes candidats susceptibles d’influencer l’abondance de ces genres, tel que le gène ABO. En conclusion, ces analyses ont mis en évidence des régions et variants génomiques associés à l’abondance de certains genres héritables du microbiote fécal chez la vache Holstein. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives de recherche pour mieux comprendre l’influence génétique de l’hôte sur son microbiote et évaluer l’intérêt de réaliser une sélection génomique sur la composition de certains genres bactériens. »

Bovins laitiers | Génétique | Génomique | microbiome

• Brulin L.
• Sanchez MP.
• Cai Z.
• Ducrocq S.
• Even G.
• Martel S.
• Merlin S.
• Audebert C.
• Estellé J.
• Sahana G.
• Croiseau P.