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La sélection génomique des ovins laitiers en France : stratégies, premiers résultats des évaluations génomiques et perspectives

ASTRUC J.M. (1), BALOCHE G. (2), LARROQUE H. (2), BELTRAN DE HEREDIA I. (3), LABATUT J. (4), LAGRIFFOUL G. (1,5), MORENO C. (2), ROBERT-GRANIE C. (2), BOSCHER M.Y. (6), CHANTRY-DARMON C. (6), AGUERRE X. (7), BOULENC P. (8), FREGEAT G. (9), GIRAL-VIALA B. (8), GUIBERT P. (10), PANIS P. (10), SOULAS C. (7), BARILLET F. (2), LEGARRA A. (2)
(1) Institut de l’Elevage, 31321 Castanet-Tolosan Cedex, France
(2) INRA, UR631-SAGA, BP 52627, 31326 Castanet-Tolosan Cedex, France
(3) Neiker, Arkaute, 01080 Vitoria-Gasteiz, Espagne
(4) INRA, UMR AGIR, BP 52627, 31326 Castanet-Tolosan Cedex, France
(5) CNBL, 31321 Castanet-Tolosan Cedex, France
(6) Labogéna, Domaine de Vilvert, 78352 Jouy-en-Josas, France
(7) CDEO, Quartier Ahetzia, 64130 Ordiarp, France
(8) Ovitest, Les Balquières, route d’Espalion, 12850 Onet-le-Château, France
(9) OS Upra Lacaune, Carrefour de l’Agriculture, 12026 Rodez cedex 9, France
(10) Confédération Générale de Roquefort, BP348, 12103 Millau, France

RESUME
Les programmes de sélection ovins laitiers français évaluent sur descendance environ 700 béliers par an, avec de fortes variations selon les races. Le stockage de sang des béliers d’IA à Labogena depuis le milieu des années 90 et la disponibilité de la puce « OvineSNP50® » d’Illumina depuis 2009 rendent envisageable la sélection génomique pour les races ovines laitières françaises. Les acteurs de la profession se sont organisés dans cette perspective, dans le cadre du Comité National Brebis Laitières, en partenariat avec l’INRA et l’Institut de l’Elevage, regroupés au sein de l’UMT génétique des petits ruminants. En race Lacaune, l’objectif des projets SheepSNPQTL et Roquefort’in est de disposer d’une population de référence d’environ 3000 béliers, et de tester la sélection génomique sur 2 cohortes de testage. Pour les races ovines laitières des Pyrénées, où les populations raciales de référence sont, à l’exception de la Manech Tête Rousse (MTR), de taille plus réduite, le projet Genomia vise à tester une sélection génomique multiraciale associant les races Manech (France) et Latxa (Espagne), grâce au génotypage de 3100 béliers d’IA en 2011 dont près de 2000 pour les populations françaises. L’état d’avancement des 2 programmes est présenté et resitué dans une stratégie globale de sélection génomique. L’évaluation génomique a été réalisée selon la méthodologie GBLUP, pour l’ensemble des phénotypes disponibles. Nous présentons les résultats de précision des évaluations génomiques réalisées, en races Lacaune et MTR, sur la base d’une population d’apprentissage respectivement de 1933 et 1002 béliers génotypés et une population de validation, respectivement de 682 et 293 jeunes béliers. Dans tous les cas, l’évaluation génomique est plus précise que l’évaluation polygénique, les gains relatifs de précision variant de 10 à 41% selon la race et le caractère considérés. Parallèlement à ces travaux, les maîtres d’œuvre des schémas de sélection s’interrogent sur les évolutions techniques que supposerait la mise en place de schémas de sélection génomiques, mais aussi sur les conséquences organisationnelles et contractuelles induites.

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