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Phénotypage

Phenotypage | Ruminants (général)

ATOL - Animal Trait Ontology for Livestock : une ontologie des caractères phénotypables sur les animaux de rente

FATET A. (1), HURTAUD C. (2), BUGEON J. (3), DAMERON O. (4), HUE I. (5), MEUNIER-SALAÜN M.C. (6), REICHSTADT M. (7), VALANCOGNE A. (6), VERNET J. (7), REECY J. (8), PARK C (8), LE BAIL P.Y. (3)
(1) INRA UMR 0085 Physiologie de la Reproduction et des Comportements, F-37380 Nouzilly, France
(2) INRA Agrocampus Ouest UMR Production du Lait, F-35590 Saint-Gilles, France
(3) INRA UR 1037 Station Commune de Recherches en Ichtyophysiologie, Biodiversité et Environnement, F-35000 Rennes, France
(4) INSERM U936, Université de Rennes I, F-35000 Rennes, France
(5) INRA UMR 1198 Biologie du Développement et de la Reproduction, F-78352 Jouy-en-Josas, France
(6) INRA Agrocampus Ouest UMR Systèmes d’Elevage, Nutrition Animale et Humaine, F-35590 Saint-Gilles, France
(7) INRA UR Herbivores, Theix, F-63122 Saint-Genes-Champanelle, France
(8) Iowa State University, Department of Animal Science, Ames, IA, USA

1. CONTEXTE ET DEFINITIONS

1.1 Phénotypage
Un phénotype est l’état d’un(de) caractère(s) observable(s) chez un organisme vivant. Pour un caractère donné, il peut être considéré à différentes échelles, moléculaire, cellulaire, ou macroscopique. Par extension, il peut être l’ensemble des états des caractères observables d’un individu. Le phénotype est la résultante de l’expression du génotype et de l’influence de son environnement.
Il permet de :
- Différencier des espèces ou des populations entre elles (écologie, taxonomie, génétique des pop…),
- Comprendre la fonction d’un gène (variabilité allélique, transgénique, mutagénèse…) et ses interactions avec d’autres gènes (biologie moléculaire, physiologie…),
- Sélectionner des variétés ou races plus performantes en élevage (génétique quantitative)
Les avancées technologiques de la biologie permettent le recueil en masse de données qui offrent la possibilité de décrire de plus en plus finement les grandes fonctions du vivant (Hocquette et al, 2008). Ces données apportent une connaissance approfondie des caractéristiques uniques de chaque individu, c’est-à-dire de son phénotype, résultat de l’expression et de la régulation de son génome en particulier par son environnement.

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